El proceso de microinjerto en las cejas es muy similar a los injertos de cabello, siguiendo los mismo protocolos y pasos, aunque en este caso sí que hay ciertas diferencias en cuanto al diseño y la implantación de las unidades foliculares. En el caso de las cejas, se implantan aquellas unidades foliculares que sólo contienen un pelo y cada pelo debe ser posicionado lo más horizontal posible, para que puedan salir y crecer con un ángulo de salida muy estrecho y estar lo más plano posible a la superficie de la piel proporcionando así un resultado natural.